Členy výboru unie jsou kromě členů zvolených konferencí unie také všichni představitelé unie a předsedové sdružení. Výbor unie má nejméně 15 a nejvíc 29 členů. V období mezi konferencemi unie vykonává funkci nejvyššího orgánu církve výbor unie a náleží mu téměř všechny pravomoci konference unie.
Seznam členů Výboru unie
| Balcar Michal |
| Bališ Emil |
| Cichý Vlastimil |
| Čík Peter |
| Dobeš Daniel |
| Exnerová Martina |
| Fürst Vlastimil |
| Heczko Robert |
| Juřínek Jaromír |
| Klíma Marek |
| Kolesár František |
| Malafa Milan |
| Pavlík Mikuláš |
| Sochor Jiří |
| Škrla Marek |
| Turzová Andrea |
| Vučetič Milenko |
| Vurst Vít |